Выполнить JavaScript в подгруженном контенте из Ajax

Внутренние скрипты выполняются через eval, а внешние простым созданием ссылки на них. Я использую такую функцию.

function executeScripts (obj)
{
var head = document.getElementsByTagName('head')[0];

var scripts = obj.getElementsByTagName('script');
for(var i = 0; i < scripts.length; i++)
{
eval(scripts[i].innerHTML);

if(scripts[i].src != '')
{
var script = document.createElement('script');
script.type = "text/javascript";
script.src = scripts[i].src;
head.appendChild(script);

scripts[i].src = '';
}
}
}

Функции передаем ссылку (getElementById) на элемент в котором, Вы разместили пришедший от сервера HTML код своим innerHTML.