Поиск MySQL match() against() в InnoDB

Если нет желания собирать MySQL 5.6, рекомендую установить MariaDB 10 в которой реализована поддержка полнотекстового поиска. Или необходимо использовать таблицу-зеркало на MyISAM в которой будет хранится поле с ID записи в основной таблице и поле с текстом по которому необходимо осуществлять поиск. Далее просто джойним выборку match(), against() таблицы зеркала с основной таблицей.