Сравнение файлов

Читайте два файла в строку. Далее берете из этих строк сумму md5. У вас будет две строки по 32 символа их и сравнивайте.

filecmp
docs.python.org/2/library/filecmp.html

Пример:

import filecmp

if filecmp.cmp('file1', 'file2'):
print u"Равны"
else:
print u"Не равны"