Запретить обращение к сайту по IP

Установите дефолтный хост:

server {
listen       88.88.88.123  default_server;
server_name  _;
return       444;
}

88.88.88.123 — это ваш IP адрес на котором сидит сайт.

Он должен быть установлен в начале всех секций server {}.
Если в следующих секциях server_name не совпадает с тем, что ввели в адресной строке, то сработает именно default_server и вернёт ошибку 444.

Так же в место этого можно указать условие

if ($host !~* ^([a-z0-9-]+[\.])?myhost\.ru$) {
return 444;
}

Если хост не будет совпадать с регулярным выражением то вернётся ошибка 444. Условие нужно разместить в нужной секции server {}.

Регулярку подкрутите под себя.