Создать пустой объект

Создайте пустой класс и его загружайте.

Посмотрите эту тему: http://webonrails.ru/post/1342/

Я в ней всё описал.

Хоть и поздно, но чем вам не нравится ArrayObject

$my_obj=new ArrayObject;

print_r($my_obj); выведет
ArrayObject Object ( [storage:ArrayObject:private] => Array ( ) )

У автора не стояло задачи работать с объектом как в массивом.
Нужно было иметь пустой объект к которому можно было бы прикрутить свойства и методы динамически.

Наверно пример автора был не удачный. Объекты в JavaScript обычно выполняют роль ассоциативного массива. Но они не совсем для этого.

StdClass — это внутренний класс в PHP не имеющий никаких методов. Объекты созданные при помощи StdClass могут иметь произвольное количество свойств, поэтому этот класс часто применяют для кэширования свойств собственных объектов.

<?php
$std = new stdClass();
$std->one = 1;
$std->two->two_one = 3;
print_R($std);

stdClass Object
(
[one] => 1
[two] => stdClass Object
(
[ywo_one] => 3
)
)

К stdClass нельзя прикреплять анонимные функции и создавать тем самым методы динамически. А в JavaScript этим заниматься можно.