Закрыть вход по SSH для root пользователя

Конфиг вашего SSH хранится в /etc/ssh/sshd_config.
Открыть можно, скажем через редатор nano

# nano /etc/ssh/sshd_config

В нем
PermitRootLogin no

Перед этим создайте пользователя который имеет доступ к SSH, а то не зайдете никогда.

Что бы получить права суперпользователя, нужно выполнить команду:

# su -

полезная инфа по теме SSH доступ с правами root во FreeBSD