Отступ от верхней границы экрана при переходе по якорным ссылкам

Можно отлавливать изменение #hash и делать scrollTo от текущего положения чуть меньше. Например так:

// Отлавливаем hash при загрузки/обновлении страницы
$(window).load(function ()
{
if(document.location.hash != "")
{
if($(document.location.hash).length > 0)
{
var top = $(window).scrollTop();
if(top > 0) $(window).scrollTop(top-100);
}
}
});

// Отлавливаем hash при его изменении
$(document).ready(function()
{
if('onhashchange' in window)
{
window.onhashchange = function()
{
if($(document.location.hash).length > 0)
{
var top = $(window).scrollTop();
if(top > 0) $(window).scrollTop(top-100);
}
}
}
});

Проверил в Chrome — работает.