На днях отказался от бэкенда в виде Apache и сейчас использую только Nginx. Оказалось, что он по умолчанию отдает системные файлы с точной в начале, например такие как .htaccess или файла для git.
location ~ /\. { access_log off; log_not_found off; deny all; }
Выключил так.